全書按編年體記事，共8卷。作為戰(zhàn)爭的親歷者，修昔底德詳細(xì)地記錄了伯羅奔尼撒戰(zhàn)爭事件，并分析了這場戰(zhàn)爭的原因和背景。
全書被后世學(xué)者分為8卷，嚴(yán)格按時(shí)間順序展開史事，各卷之間保持著必然的聯(lián)系。第一卷開頭有一個(gè)序言，闡明作者的寫作動機(jī)、方法，接著勾勒了戰(zhàn)前希臘歷史的輪廓，追溯了雅典人與拉棲代夢人之間矛盾的發(fā)展過程；第二、三、四卷至第五卷第24節(jié)，記載戰(zhàn)爭的前10年（所謂“阿奇達(dá)姆斯戰(zhàn)爭”），即自戰(zhàn)爭爆發(fā)至“尼基阿斯和約”的簽訂；第五卷第25~116節(jié)敘述“尼基阿斯和約”的簽訂至西西里遠(yuǎn)征，即所謂“和平”時(shí)期的史事；第六、七兩卷敘述西西里遠(yuǎn)征始末；第八卷敘述戰(zhàn)爭最后階段，即狄凱里亞戰(zhàn)爭和伊奧尼亞戰(zhàn)爭。按修昔底德自己的計(jì)劃，他的歷史著作將一直寫到公元前404年雅典長城被拆毀和比雷埃夫斯港被占領(lǐng)為止。但是他的著作只寫到公元前411年冬天，就突然中斷了，最后一句話也是不完整的，說明他的著作尚未完成。